在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

分析成果

1、从光敏的培养細胞中提现DNA化学交联球高蛋白

为了让破乳光交连蛋清质-DNA包覆物使用在LC-MS剖析，作著开发技术了一大种转化纯化工作方案，可从DNA中消除非说你交连蛋清质，仅在影响时顺利使用就直接dna组接觸丰度DNA交连蛋清质。用TRIZOL转化成染色剂质并消除执行死刑获的非交连蛋清，后来将其已经溶水以参与RNase助消化不良。顺利使用超声波拷贝所得税蛋清质交连DNA的转化成物，在硫氰酸胍中高温转化，并在二氧化的硅抽滤柱上较大洗滌以消除非说你交连蛋清质早以做好。顺利使用核酸酶正确处理从DNA中挥发释放光交连蛋清，并参与胰蛋清酶助消化不良使用在LC-MS剖析。该的方式排序为蛋清质交连DNA转化成或XDNAX。

图1.核高蛋白化学交联DNA添加或XDNAX步奏图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可随时接受DNA的球核苷酸图谱

将光化学交联方式 软件应用于MCF7肿瘤细胞核，显示了1,805种侯选人核血清，在这当中1,191种来源于于3个或很多次按顺序中。60%的DNA之间影响组中含核酸联系的GO引用，在较弱核酸联系引用的核血清质中，最大的的提供来源核纤层核血清，然后是参入印染质组织安排和肿瘤细胞核裂变的核血清质（图2）。

图2 . 可同时碰到 DNA 的核高蛋白（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总结报告了DNA主动功效组所隐藏的胆固醇质-DNA对话框非常涉及的核苷酸热塑肽。这以及可能（1）球状DNA相配合架构域、（2）DNA 相配合无章区（IDR）和（3）可能与许多胆固醇质（这类组胆固醇相配合胆固醇）、RNA（这类剪接细胞）或相离心分离区室（这类核仁胆固醇）主动功效而导致的室内环境更加接近。

图3 . 可随时学习 DNA的格局域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、一定量组织细胞扰动时间与DNA组合的转录成分

雌刺生长肾上腺素肾上腺素受体α（ESR1）驻带到胞质溶胶中，终究会撞见其配体，触及易位到内部核，在处它与染色体组中的其他领域相结合以激话其他的转录编译程序。将血清饥饿的MCF7内部表露于高的用药量雌刺生长肾上腺素（10 nM 17β-雌二醇）4两半小时，与模似外理的相对比较内部相对比较这些食品的DNA能够 使用组（图4A）。这之中，雌刺生长肾上腺素促进后DNA能够 使用组中的ESR1提高了30倍（图4B）。总的来，在1,814个按量的淀粉酶质-DNA能够 使用中，约有9%显现出已经超过2倍的不错不同，并关注到与ESR1含有能够 使用的淀粉酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌的激素工作乳房增生癌受损细胞 DNA 相护目的组的一定量有点（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

工作小结

研究分析分析探讨加入着色体组的胆固醇酶质以认识它是如果被识别并付诸实践内容的，一直以来是科研工作的技术人员1个短期的需求。着色体组可及性最主要的以DNA为中心的的度角做研究分析分析探讨，或许，到近年来就要，着色质妇科凝胶中的哪个胆固醇酶质与DNA 产生物理上的互不效用尚不弄清楚。选用零的距离光交连，可感觉DNA互不效用组中的大多都数胆固醇酶质，XDNAX的技术将有所作为胆固醇酶质-DNA互不效用研究分析分析探讨的巨大工貝。

拜谱个人心得体会

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的血清质组学、装饰组学、分泌组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

分类专著：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.