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Int J Mol Sci | m6A甲基化修饰对糖尿病小鼠认知功能障碍的调控机制

发布时间:2024-08-02
N6-甲基腺苷(m6A)是真核菌物工程mRNA中最大要的转录后修饰语,在真核菌物工程的病检和身理期间中起着至关更重要的使用。糖尿病的风险看法思维障碍就是种不可逆反应的运动神经末梢神经末梢系统的退行性妇科疾病,现有不断发展这些切共识机制从未仍然确立,从而由于缺乏有用的预防措施和医治行为。

2024年2月6日,北京大学医学部联合首都医科大学附属北京朝阳医院在International Journal of Molecular Sciences上发表题为“Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice”的研究文章。研究人员探讨了高脂肪饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化的相关机制。该成果中拜谱生态学为其提供m6A甲基化概述技术水平功能,为糖尿病小鼠高脂肪饮食诱导的认知功能障碍机制提供了新的线索。

新闻稿件名稱:Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice(Int J Mol Sci.,IF=6.2,2024.2)

投资者企业单位:北京大学医学部、首都医科大学附属北京朝阳医院

实验的原材料:小鼠脑组织

拜谱供应工艺:m6A甲基化(MeRIP-seq)

论文摘要图:

图1| 小结图(图源:Zhaoming Cao, et al., Int J Mol Sci., 2024)

深入分析没想到

1.DCI小鼠海马中m6A遗传基因表达的影响

分折分折相关成员先要成立了高脂饮食起居和认同阻碍(DCI)的小鼠建模方法。为会比较相较比较组(n = 3)和DCI组(n = 3)当中的m6A遗传基因组组突显,分折分折相关成员运用MeRIP-seq做了转录组时间范围内的m6A-seq分折。在DCI组的10664个商品代码遗传基因组组转录物(mRNAs)中国国民党发展相较比较组的23711五个不相同的m6A峰。优于一下,DCI组行为出23,751五个非相同m6A峰。进来,934五个甲基化遗传基因组组在相较比较组和DCI组当中相同(图2)。

图2| 照表组和DCl组m6a掩盖基因组的维恩图

共司法鉴定出127八个有差异甲基化的m6A位点(DMMSs),另外60.88%(778/1278)和39.12%(500/1278)的甲基化能力各自为明显不低于照表组。分享其生长范围点原因找到m6A峰生长范围点在另一RNA中(图3A),并结合其生长范围点的转录地区分成下述五组:5'UTR、3'UTR、转录起点位点地区精彩情节、暂停登录账户密码锁子精彩情节、起点登录账户密码锁子精彩情节和标识号编码序列(CDS)。m6A峰的在3'UTR、CDS和暂停登录账户密码锁子火车站附近为明显生物富集(图3B)。考虑到估评这dna上m6A体现的地区,分析者需求了有峰注脚的地区,并检验了这dna上reads的涉及率。在DCI组中,m6A体现区偏离于3'UTR区(图3C)。因此mRNA内的DMMS都被手机定位到上色体往上面估评其生长范围点简况。有差异小鼠上色体的m6A体现谱有差异。

图3| 小鼠海马中m6A甲基化图谱的改变了

要为考验m6A遮盖在DCI小鼠中的生物制品工程学实用功能,的研究工作人员从两两任选择所含DMMS的血清质商品编码什么是什么是dna确定GO和KEGG剖析(图4A)。在GO剖析中,高甲基化什么是什么是dna在癌生殖神经体细胞流程、生物制品工程流程自我调节、催化氧化剂的作用活力性和杂环巧妙单质综合中有关性丰度。KEGG表现通道剖析现示信息,高甲基化什么是什么是dna与T癌生殖神经体细胞感觉表现表现通道、小癌生殖神经体细胞肺癌患者和RIG-I样感觉表现表现通道有关(图4B)。对待低甲基化什么是什么是dna,GO剖析现示信息在癌生殖神经体细胞流程、分泌流程和综合流程中有关性丰度巧妙环巧妙单质、综合杂环巧妙单质和催化氧化剂的作用活力性(图4C)。KEGG表现通道剖析论述了低甲基化什么是什么是dna与肥厚性心肌病和Hippo表现表现通道的有关(图4D)。

图4| 文化差异甲基化m6A位点的径路丰度

2.m6A MeRIP-Seq和RNA-Seq统计数据的连合深入分析

随后不久设计人数将m6A MeRIP-Seq的统计数据库和此前RNA-Seq的统计数据库做联手剖析,看见163个mRNA,m6A峰和mRNA关卡偏态修改。41种mRNA的m6A和mRNA关卡调涨,14种mRNA关卡上涨。除外,30个表观遗传mRNA表达出来出来调涨,m6A关卡上涨,7八个表观遗传mRNA表达出来出来上涨,m6A关卡调涨(图5A)。之后,搭配没事个PPI网来出现163个表观遗传项目编码的蛋白酶直接的联系(图5B)。

下图6如图是,GO和KEGG定量深入了解可分四组:(1) m6A上浮,mRNA下降;(2) m6A上浮,mRNA上浮;(3) m6A下降,mRNA下降;(4) DNA组m6A下降和mRNA上浮。在GO定量深入了解中,m6A上浮和mRNA下降的DNA组在細胞消化吸收工作、馥郁族化学物质生物学组成工作和RNA消化吸收工作的调节作用中取得丰度。KEGG定量深入了解界面凸显,这一些DNA组在脂肪酸含量酸消化吸收、小細胞肝癌、丙酸消化吸收和异丙醇酸消化吸收中丰度。针对m6A上浮和mRNA上浮的DNA组,GO定量深入了解界面凸显在亚铁依照、亚胺丙氨酸脱羧酶生物、天冬氨酸1-脱羧酶生物和細胞无线连接装设负调节作用中丰度;KEGG定量深入了解界面凸显在2型心脏病、脂肪酸含量細胞要素的卫星数字信号通道和胰岛素的卫星数字信号通道中丰度。在GO定量深入了解中,m6A下降和mRNA下降的DNA组在寡肽依照、谷胱甘肽依照和二硫腐蚀物腐蚀替换酶生物中丰度,而在KEGG定量深入了解中,这些在青柠檬酸巡环(TCA巡环)、丙酸消化吸收和多动物群凋亡中丰度。在GO定量深入了解中,m6A下降和mRNA上浮的DNA组在胚胎骨软骨特性情况、血清激酶生物激活卡和NADP消化吸收工作中丰度,在KEGG定量深入了解中,m6A下降和mRNA上浮DNA组在新霉素、卡那霉素和脑神经营养成分要素的卫星数字信号通道中丰度。

图5| m6A甲基化与mRNA表达方式的联手了解

图6| 163个DEGs和DMMS的GO和KEGG研究

拜谱生物体个人总结

本研究表明高脂饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化。这些改变导致与神经退行性疾病相关的基因甲基化模式的改变,特别是在小鼠的海马区。这些发现为高脂肪饮食诱导糖尿病小鼠认知功能障碍的机制提供了新的见解,可能为糖尿病诱导的海马病变提供新的治疗策略。这一过程中拜谱生物工程提供了m6A甲基化科技工作,拜谱菌物可提供完善成熟的蛋白质组学、细胞代谢组学、转录组学或者两组学综合商品新技术开发的,欢迎致电咨询!

参考资料论文:Cao Z, An Y, Lu Y. Altered N6-Methyladenosine Modification Patterns and Transcript Profiles Contributes to Cognitive Dysfunction in High-Fat Induced Diabetic Mice. Int J Mol Sci. 2024. doi: 10.3390/ijms25041990.

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