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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表明出宽泛的生态学灵活性，包涵抗恶性肿瘤和抗虫毒目的。一般是，三萜是实现甲羟戊酸方式制成的，并从天然动植物动植物和病菌中提炼。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表文章了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的论述文。该论述发展三萜类氧化物野生野生灵芝酸（GA）是能够介质液体培养计划的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物应用行成的。经过转录组和蛋清质组学新技术工艺进一个步骤探求无柄虫草粉菌丝体中DHT行成两者虫草粉酸（GA）的机制化，并依照多个学新技术工艺测试到的性别对比遗传基因和性别对比蛋清，预测DHT 怪物分解成 GA 的前提条件。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和功能模块划分

利用对无柄灵芝粉真菌感染菌丝体实施转录组测序共收获67230个转录本和1429八个单什么是什么是什么是基因。在这种单什么是什么是什么是基因中，49二个被亲子鉴定为不同之处形容什么是什么是什么是基因（DEGs），在这当中213个形容调整，279个形容上涨（图1A）。GO聚集深入定性分析后，DEGs包含菌物具体步骤（BP）、细胞系膜基本成分（CC）和原子基本功能（MF）3类。在BP种类中，发生了前八个子种类：消炎药吸附基础产生率具体步骤，冰醋酸盐基础产生率具体步骤和甲酸盐基础产生率具体步骤;而在CC种类中，细胞系膜外区、突触复合型体、突触空间结构是前八个亚类。对待MF种类，甲酸脱氢酶（NAD）吸附性、空气氧化回归酶吸附性和酸氨（或酰胺）联系酶吸附性是前八个亚种类（图1B）。在DEGs的KEGG通道深入定性分析中，前30条聚集度至高的通道有27条一种基础产生率，在这当中甲烷气体基础产生率、乙醛酸盐和二羧酸盐基础产生率、丙酸盐基础产生率卫星信号通道不错聚集（图1D）。

图1|转录成分析和功能表几大类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

使用对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体开展核膳食纤维组学研究，共计来确定了16,457种独有肽、2606种核膳食纤维和2588种按量核膳食纤维。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的建立的条件下，这2606种核膳食纤维中，94种被认定为文化差别表现核核胆固醇（DEPs），各举52种调整，42种调低（图2A），图2C表明了文化差别表现核核胆固醇的聚类分折一下法研究热图。从GO研究看看，BP类型表明，普遍是数DEPs参与活动冰醋酸盐排泄的步骤、抗生素类分离排泄的步骤和类药分离排泄的步骤。CC类DEPs在组织肿瘤上皮细胞核外区、过钝化物酶体和微体中占有率高，钝化重置酶海洋生物学氧和甲酸脱氢酶（NAD）海洋生物学氧在MF类中DEPs的比率高（图2B）。与转录组的结果类同，KEGG径路研究表明，非常多DEPs在排泄中海洋生物学含有，各举3条最海洋生物学含有的方式是光合海洋生物学中的碳采取固定、碳排泄和MAPK表现径路（图2D）。不仅如此，使用研究GO数据统计库的CC对DEPs开展亚组织肿瘤上皮细胞核准确定位研究和注音（图2E），DEPs一般分布图制作在组织肿瘤上皮细胞核质（40.66%）、组织肿瘤上皮细胞核膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），按理来说上是GAs海洋生物学结合的一般地点。

图2|蛋白酶质组的参考值分享和效果验正

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物还原成和對照组备选DEGs和DEPs建设了维恩图，有20个一定的差异把你想表明出来染色体（图3A）。对转录组和球核高血清含量组中E组和C组一共有的DEGs/DEPs做聚类定量分折定量分折，出现mRNA和球核高血清含量相互间有13个上涨染色体和3个降低染色体，DEGs与他译为的DEPs把你想表明出来关卡呈正关联，针对Pearson的关联指数公式定量分折，在转录组和球核高血清含量组相互间的检测到相对于较高的关联性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检验成果彰显，E组和C组1一个DEGs的表现技术区别特殊，在其中9个为上浮DEGs，多个为上涨DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表现发展与转录多组分析成果不符。

图3|蛋白酶质组的按量研究分析和模块效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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